A Fazenda Santa Maria está localizada estrategicamente sobre o divisor de águas das bacias hidrográficas do Rio Paraná e do Baixo Iguaçu. Esse fator geográfico contribuiu para a formação de diversas nascentes, no interior e limites da propriedade, que formam importantes rios da região como o Rio São João, o Rio João Gualberto, o Rio Apepú, o Rio Bonito e o Rio Tamanduá.

Com profundidade média de 1.500 metros e extensão de 1,3 milhões de quilômetros quadrados, esse aquífero atinge os estados de São Paulo, Goiás, Minas Gerais, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Paraná, Santa Catarina e Rio Grandedo Sul. A pluviosidade regular da região sobre as florestas permite a infiltração natural das águas e o abastecimento do lençol freático.